W repertuarze Mulierum Schola Gregoriana znajdują się utwory pierwotnej monodii chrześcijańskiej, pochodzące z tradycji ambrozjańskiej, benewentańskiej, gallikańskiej, gregoriańskiej i wizygockiej.
Zespół ma w stałym repertuarze następujące programy:
- ECCE QUOMODO MORITUR IUSTUS
Meditatio passionis cum canto gregoriano et ambrosiano
- MISTERIUM CHRISTI
cum canto gregoriano et ambrosiano
- ECCLESIAE APOSTOLI
in festis apostolorum
- ALMA REDEMPTORIS MATER
Commune Beatae Mariae Virginis
- HOC CORPUS QUOD PRO VOBIS TRADETUR
Messa vespertina in Cena Domini
- MIHI VIVERE CHRISTUS EST
Sancte Paule Apostole
- MISTERIUM SALUTIS
cum canto gregoriano et ambrosiano
- GREGORIANO POLIFONICO
Gregoriańskie ispiracje (alternatim)
- BONUM EST CONFIDERE IN DOMINO
Śpiew monodyczny średniowiecznej Europy
- OFFICIUM DEFUNCTORUM
- Ad vespras, ad missam
- BENEDICTA SIT SANCTA TRINITAS
Od Uroczystości Wielkanocy do Uroczystości Św. Trójcy
- NARRABO OMNIA
| 
